Trikinetics--果蝇节律实验

实验步骤

1、准备待测果蝇：使用标准果蝇食物饲养雄性果蝇

2、准备监测管

3、装配果蝇：麻醉果蝇，移入管中，一管一只，将装入果蝇的监测管插入监测板中，并用通气塞封住非食物端。固定监测管。

4、将监测板放入培养箱中，并与数据收集系统相连

5、打开电脑设置参数，收集信息

结果与分析

1、收集并处理数据
 

1. 监测结束后将所收集的数据复制到新文件夹中，然后将其导入DAMFileScan软件 中。
2. 在DAMFileScan软件中转换数据格式：在“Bin Length”处设置数据间隔为
   30 min；在“Output File Type”处设置输出数据文件格式为“Channel Files”；在左侧“First Bin to Save”处设置数据开始日期，时间设置为“00:30:00”；在右侧“Last Bin to Save”处设置数据结束日期，时间设置为近的时间 (例如，下午三点收集数据，则时间设置为“15:00:00”)；在“Extra Readings”处选择“Sum into Bin”；在“RunName”处为导出数据命名；后点击“Save”保存即可。

2、分析节律
节律分析使用ClockLab软件 (Actimetrics，版本：2.72)，以30 min为间隔计算周期 (图2)。
 

1. 通过MATLAB打开ClockLab，打开“MATLAB”输入“CL”后点击回车。
2. 点击界面左上角“Open File”键，从转换格式后的文件中任选一个。
3. 在右下方面板中的“Block Size”处选择数据间隔为30 min，“Start/End Hour”处均选为0。
4. 设置节律性分析的参数
5. 点击界面右上方“Preferences”键，然后在弹出界面中“Periodogram”下方“Confidence”处设置置信水平为0.01，在“Range”处设置周期时长范围 (低限为17 h，高限为40 h)，然后关闭该界面。
6. 选择数据分析日期
   在主界面中“Start/End Dates”处设置开始日期为DD第1天的日期，结束日期为收集数据的日期。
7. 节律性分析
8. 点击主界面左下角“Batch Analysis”键，在弹出界面中选中需要分析的数据；在右边面板中确认并勾选相关参数：“P’gram peak1” (卡方周期图分析，日期设为全部持续黑暗时间段)，“Avg Counts” (平均活动量，日期设为持续黑暗后一天) 等，点击“Go”开始分析。
9. 节律分析结果说明
   分析结束后结果生成“BatchAnal”文件，使用Excel打开。其中主要参数有以下几项：

   1)“Tau”：通过卡方周期图计算出17-40 h之间节律性强时对应的周期时长，即果蝇活动周期。

   2)“power”：该果蝇活动周期所对应的节律性大小。

   3)“Significance”：置信水平为0.01且周期在17-40h之间时该果蝇节律性背景值。

10. 排除死果蝇
    分析每只果蝇DD后一天的活动，将活动量为0的果蝇删除。
11. 整理分析结果
    通过“power”与“significance”相减可计算得到“p-s” (表示果蝇节律强弱)，若“p-s”小于10则认为该果蝇没有节律，计算平均周期时将该果蝇排除 (计算节律强度平均值时需保留)。终得到每种基因型果蝇以下参数：

12. 果蝇数目“N”；

    2)有节律的果蝇占存活果蝇百分比“rhythmic”；

    3)果蝇节律性强弱“p-s”；

    4)果蝇平均周期长度“Tau”。

生命科学与技术学院, 华中科技大学, 武汉, 湖北 张珞颖